日本的頂尖大學排名於世界百大以內的排名還不少，根據QS 2023 世界大學排名，位於世界百大的日本大學有東京大學(23名)、京都大學(36名)、東京工業大學(55名)、大阪大學(68名)與東北大學(79名)共有5間學校列入百大，台灣高中生畢業後前往日本留學雖然沒有像美國、英國那麼多，但因為距離台灣近且因為是頂大的關係，學生也申請到不少的名校，例如今年就有至少2位學生(台南一中與秀岡康橋)申請到日本第1的東大，真的是很厲害。
除了秀岡康橋有1位錄取東京大學外，今年2022年 AAIA 新北美國學校還有申請到京都大學，另外中科實中也錄取到了知名的東北大學 Tohoku University，也就是位於日本東北地區仙台的一所國立大學。
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https://shirley.tw/2022y-enroll-japan-uni/
| QS 2023排名 | University | 中文校名 | 秀岡康橋 | AAIA | 中科實中 |
| 23 | The University of Tokyo | 東京大學 | 1 | ||
| 36 | Kyoto University | 京都大學 | 1 | ||
| 55 | Tokyo Institute of Technology (Tokyo Tech) | 東京工業大學 | |||
| 68 | Osaka University | 大阪大學 | |||
| 79 | Tohoku University | 東北大學 | |||
| 112 | Nagoya University | 名古屋大學 | |||
| 135 | Kyushu University | 九州大學 | 1 | ||
| 141 | Hokkaido University | 北海道大學 | |||
| 197 | Keio University | 慶應義塾大學 | |||
| 205 | Waseda University | 早稻田大學 | 1 | ||
| 312 | University of Tsukuba | 筑波大學 | |||
| 338 | Hiroshima University | 廣島大學 | |||
| 363 | Kobe University | 神戶大學 | |||
| 392 | Tokyo Medical and Dental University (TMDU) | 東京醫科齒科大學 | |||
| 490 | Chiba University | 千葉大學 | |||
| 501-510 | Yokohama City University | 橫濱市立大學 | |||
| 531-540 | Hitotsubashi University | 一橋大學 | |||
| 561-570 | Niigata University | 新潟大學 | |||
| 571-580 | Nagasaki University | 長崎大學 | |||
| 601-650 | Gifu University | 岐阜大學 | |||
| 601-650 | Kanazawa University | 金澤大學 | |||
| 601-650 | Okayama University | 岡山大學 | |||
| 601-650 | Osaka City University | 大阪市立大學 | |||
| 651-700 | Gunma University | 群馬大學 | |||
| 651-700 | Kumamoto University | 熊本大學 | |||
| 701-750 | Kagoshima University | 鹿兒島大學 | |||
| 701-750 | Ritsumeikan University | 立命館大學 | |||
| 701-750 | Tokushima University | 德島大學 | |||
| 701-750 | Tokyo Metropolitan University | 東京都立大學 | |||
| 701-750 | Tokyo University of Agriculture and Technology | 東京農工大學 | |||
| 751-800 | Osaka Prefecture University | 大阪府立大學 | |||
| 801-1000 | International Christian University | 國際基督教大學 | |||
| 801-1000 | Ritsumeikan Asia Pacific University | 立命館亞洲太平洋大學 | 1 | ||
| 801-1000 | Shinshu University | 信州大學 | |||
| 801-1000 | Sophia University | 上智大學 | |||
| 801-1000 | Tokyo University of Science | 東京理科大學 | |||
| 801-1000 | Yamaguchi University | 山口大學 | |||
| 801-1000 | Yokohama National University | 橫濱國立大學 | |||
| 1001-1200 | Doshisha University | 同志社大學 | 1 | ||
| 1001-1200 | Kyoto Institute of Technology | 京都工藝纖維大學 | |||
| 1001-1200 | Kyushu Institute of Technology | 九州工業大學 | |||
| 1001-1200 | Nagoya Institute of Technology (NIT) | 名古屋工業大學 | |||
| 1001-1200 | Saitama University | 埼玉大學 | |||
| 1001-1200 | Tokai University | 東海大學 | |||
| 1201-1400 | Aoyama Gakuin University | 青山學院大學 | |||
| 1201-1400 | Kindai University (Kinki University) | 近畿大學 | |||
| 1201-1400 | Kwansei Gakuin University | 關西學院大學 | |||
| 1201-1400 | Meiji University | 明治大學 | |||
| 1201-1400 | Rikkyo University | 立教大學 | |||
| 1201-1400 | Shibaura Institute of Technology | 芝浦工業大學 | |||
| Hosei University | 法政大學 | 1 | |||
| Temple University, Japan Campus | 天普大學日本校區 | 1 | |||
| Tokyo International University | 東京國際大學 | 1 |
慶應義塾大學與早稻田大學是耳熟能響的大學，因為很多人都在日本的電視劇或電影看過相關大學的影片，台灣高中生也有申請到這2間大學，慶應義塾大學是日本私立大學入學考試難度最高的大學之一，而早稻田大學也是日本最好的私立大之一，也聚集不少頂尖人才的先進研究與學術資源，此大學致立於國際交流，在台北也有辦公室，所以台灣歷年來也有很多高中生申請到早稻田大學。
| QS 2023排名 | University | 中文校名 | 道明中學 | 政大附中 | 靜心高中 |
| 197 | Keio University | 慶應義塾大學 | 1 | ||
| 205 | Waseda University | 早稻田大學 | 1 | 2 | 2 |
| Hosei University | 法政大學 | 1 |
資料來源：